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环植所参与荔枝基因组研究取得重要进展

作者:李焕苓 来源:环境与植物保护研究所 发表时间:2022-01-05 点击: 【字号:    打印

  1月4日,环植所参与荔枝基因组研究取得重要进展,研究成果以“Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars”为题在《Nature Genetics》(自然-遗传学)上发表。该研究初步揭示了荔枝基因组奥秘,为荔枝功能基因组研究和新品种选育提供了重要参考,是近年来荔枝生物学研究中的突破性进展。

  中国是荔枝(Litchi chinensis Sonn.)的原产国,其栽培历史可以追溯到2000多年前,但控制荔枝表型多样性的遗传密码研究几千年来未有重要进展。该研究以荔枝主栽品种‘妃子笑’为材料,通过最新的测序与组装技术,将‘妃子笑’基因组组装了15条假染色体,基因组大小约为470 M。‘妃子笑’基因组高度杂合(杂合度约为2.27%),使其基因组组装成为两个相对独立的单倍型,13000多个等位基因在不同组织中发生了差异表达。基于基因组重测序数据的进化分析发现,野生荔枝起源于中国西南部的云南,向东和向南传播到广西、广东、海南,后因地质运动,海南与大陆分离,在海南与云南独立驯化出晚熟和极早熟荔枝类型,其基因分别主要分布于‘妃子笑’基因组的两个单倍型。早熟荔枝类型可能源于云南极早熟与海南晚熟荔枝的杂交。该文还初步揭示了决定荔枝开花时间、成熟期等荔枝重要性状的候选基因。

  环植所是该项研究的第三参与单位,王家保研究员为该论文的共同第一作者。全文链接为:https://www.nature.com/articles/s41588-021-00971-3


  

图1 重测序荔枝品种的群体分析