此院徽主色调采用绿色和蓝色，绿色是农业的象征，代表我院为农业科研机构；蓝色是海洋的象征，意为我院坐落在美丽的海南岛。两个旋转的蓝色图形寓意热科院开放办院、特色办院、高标准办院的理念，预示着热科院蓬勃发展，不断开拓，走向辉煌。地球上的橙黄色块是热区，寓意我院立足海南、面向热区、走向世界的广阔胸怀，展现了我院为建成世界一流热带农业科技中心努力奋斗的勃勃雄心。下方的字母CATAS是我院的英文缩写，字体粗大醒目，体现一种国际概念，表示我院是与国际接轨的大型科研机构。1954是我院的创建时间。
　　该标志寓意深刻，色彩明快，简洁协调，便于识别，实用大方。
　　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　院办
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　2008年11月18日