• 首页
  • 组织机构
    • 热科院概况
    • 院领导集体
    • 机构设置
    • 发展规划
  • 科技创新
    • 通知公告
    • 政策法规
    • 科技热点
    • 科研基地
  • 成果转化
    • 转化动态
    • 转化平台
    • 合作企业
    • 技术成果
    • 良种良苗
    • 科技产品
  • 人才队伍
    • 人才动态
    • 招聘
    • 人才政策
    • 创新团队
    • 专家风采
    • 专家库
  • 国际合作
    • 国际合作与交流
    • 合作平台与伙伴
    • 对外合作政策
  • 服务三农
    • 热区"三农"
    • 院地合作基地
  • 党建文化
    • 党建工作
    • 反腐倡廉
    • 统战工作
    • 群工工作
    • 文化建设
    • 学习交流
  • 教育培训
    • 研究生教育
    • 培训中心
当前位置:首页 » 要闻聚焦 » 详细
生物所自主研发规模化基因组大数据平台
作者:生物所 来源:中国热带农业科学院 日期:2018-08-21

  由中国热科院生物所自主开发的AFSM(基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性)技术,结合大数据分析优势,打造了热带作物基因大数据平台,可大规模、低成本地构建遗传连锁图谱,开展GWAS分析、演化分析、指纹图谱以及高通量甲基化分析等,在建立热带特色作物分子标记育种平台方面发挥了重要作用,有效提升了中国热科院在该领域的国际影响力。


  据AFSM技术研发者夏志强副研究员介绍,目前以该平台为桥梁,生物所已与美国普渡大学、美国加州大学戴维斯分校、CIAT、EMBRAPA、福建农林大学、海南大学等在内的10余家国内外研究机构、高校建立合作,覆盖木薯、橡胶树、小桐子、胡椒、可可、茶树、柱花草、澳洲坚果、香蕉、兰花、甘蔗、土豆、芭蕉芋、薏仁、节节麦等多种作物。


  近年来,生物所种质与基因资源研究室已在木薯、橡胶树、小桐子等作物上运用该技术并发表代表性成果。如对木薯群体展开全基因组关联分析(GWAS),确定了36个农艺性状关联的关键基因;在橡胶连锁图谱研究方面,构建了大约6940个AFSM标记遗传连锁图谱与多个重要产胶相关QTL基因(该物种首个超高密度SNP定位QTL);开展了小桐子的遗传连锁图谱构建和QTL定位研究,开发了含有3422个AFSM标记遗传连锁图(该物种首个超高密度图谱),13个果实产量重要QTL等。

11.jpg 

AFSM构建遗传图谱应用

  

  仅2018年以来,夏志强副研究员相关基因组大数据研究成果陆续发表在《Nucleic Acids Research》、《Biotechnology for Biofuels》、《Industrial Crops & Products》、《Frontiers in Plant Science》等国际期刊上,累计影响因子24.585。


  • Copyright © 中国热带农业科学院监制
  • 地址:海南省海口市城西学院路4号
  • 邮编:571101
  • 琼公网安备 46010602000325号
  • 琼ICP备11000394号
English | 旧版
  • 首页
  • 组织机构
    • 热科院概况
    • 院领导集体
    • 机构设置
    • 发展规划
  • 科技创新
    • 通知公告
    • 政策法规
    • 科技热点
    • 科研基地
  • 成果转化
    • 转化动态
    • 转化平台
    • 合作企业
    • 技术成果
    • 良种良苗
    • 科技产品
  • 人才队伍
    • 人才动态
    • 招聘
    • 人才政策
    • 创新团队
    • 专家风采
    • 专家库
  • 国际合作
    • 国际合作与交流
    • 合作平台与伙伴
    • 对外合作政策
  • 服务三农
    • 热区"三农"
    • 院地合作基地
  • 党建文化
    • 党建工作
    • 反腐倡廉
    • 统战工作
    • 群工工作
    • 文化建设
    • 学习交流
  • 教育培训
    • 研究生教育
    • 培训中心

重要新闻

  • 国家市场监督管理总局党组成员、副局长、国家标准化管理委员会主任田世宏到中国热科院调研
  • 重要突破:中国热科院揭示木薯单体型基因组进化及功能分化规律
  • 海南省直机关工委副书记魏萍到中国热科院调研
  • 中国热科院与联合国粮农组织共同在线举办第三次“一国一品”特色农产品绿色发展全球行动计划咨询会
  • 科技部科技人才与科学普及司副司长邓永辉到中国热科院调研
  • 中国热科院加快推进首个“热作北进” 科研成果转化示范基地建设

热区热点

  • 广西扶绥成全国首个甘蔗生产全程机械化示范县 机械化率达69%

  • 首届中国国际热带博览会在广东佛山举办

专题推荐

当前位置:>首页>要闻聚焦

生物所自主研发规模化基因组大数据平台

  作者: 生物所   来源: 中国热带农业科学院  日期: 2018-08-21   点击: [ 小  中  大   打印  ] 我要分享

  由中国热科院生物所自主开发的AFSM(基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性)技术,结合大数据分析优势,打造了热带作物基因大数据平台,可大规模、低成本地构建遗传连锁图谱,开展GWAS分析、演化分析、指纹图谱以及高通量甲基化分析等,在建立热带特色作物分子标记育种平台方面发挥了重要作用,有效提升了中国热科院在该领域的国际影响力。


  据AFSM技术研发者夏志强副研究员介绍,目前以该平台为桥梁,生物所已与美国普渡大学、美国加州大学戴维斯分校、CIAT、EMBRAPA、福建农林大学、海南大学等在内的10余家国内外研究机构、高校建立合作,覆盖木薯、橡胶树、小桐子、胡椒、可可、茶树、柱花草、澳洲坚果、香蕉、兰花、甘蔗、土豆、芭蕉芋、薏仁、节节麦等多种作物。


  近年来,生物所种质与基因资源研究室已在木薯、橡胶树、小桐子等作物上运用该技术并发表代表性成果。如对木薯群体展开全基因组关联分析(GWAS),确定了36个农艺性状关联的关键基因;在橡胶连锁图谱研究方面,构建了大约6940个AFSM标记遗传连锁图谱与多个重要产胶相关QTL基因(该物种首个超高密度SNP定位QTL);开展了小桐子的遗传连锁图谱构建和QTL定位研究,开发了含有3422个AFSM标记遗传连锁图(该物种首个超高密度图谱),13个果实产量重要QTL等。

11.jpg 

AFSM构建遗传图谱应用

  

  仅2018年以来,夏志强副研究员相关基因组大数据研究成果陆续发表在《Nucleic Acids Research》、《Biotechnology for Biofuels》、《Industrial Crops & Products》、《Frontiers in Plant Science》等国际期刊上,累计影响因子24.585。


  

360网站安全检测平台

Copyright © 中国热带农业科学院监制

地址:海南省海口市城西学院路4号 邮编:571101

琼公网安备 46010602000325号 琼ICP备11000394号