• 首页
  • 组织机构
    • 基本概况
    • 院领导
    • 使命标识
    • 机构设置
    • 发展规划
  • 科技创新
    • 通知公告
    • 科技动态
    • 政策法规
    • 科研基地
  • 成果转化
    • 转化动态
    • 转化平台
    • 技术成果
    • 良种良苗
    • 科技产品
  • 人才队伍
    • 人才动态
    • 人事人才政策
    • 创新团队
    • 专家风采
    • 专家库
  • 国际合作
    • 国际合作与交流
    • 合作平台与伙伴
    • 对外合作政策
  • 服务三农
    • 热区"三农"
    • 院地合作基地
  • 党建文化
    • 党建工作
    • 反腐倡廉
    • 统战工作
    • 群团工作
    • 文化建设
    • 学习交流
  • 教育培训
    • 研究生教育
当前位置:首页 » 要闻聚焦 » 详细
中国热科院在菠萝基因组研究方面取得新进展
作者:品资所 来源:中国热带农业科学院

  近日,中国热科院品资所在菠萝基因组研究领域取得了新进展,完成菠萝三个新材料的基因组测定和组装,发布了首个菠萝“端粒到端粒”参考基因组序列组装和“铂金级”菠萝基因结构注释信息,并搭建了菠萝基因组信息数据库。为菠萝分子辅助下的远缘杂交育种和高抗食赏两用新品种选育提供给了更为全面和扎实的基础。


凤梨属种间的系统发育关系及其表型特征


  菠萝作为全球第三大热带水果,因参考基因组序列缺失、不连续,存在较多的Gap,尤其是着丝粒/端粒附近等序列,以及相应基因结构注释不完善,极大程度限制了菠萝分子辅助育种和基因编辑定向育种的工作进展。研究团队选定了基因组未被解析的三个材料(BL、YLL 和 LY)进行 Pacbio HiFi, Nanopore, 和 HiC 建库测序、基因组组装和组装质量比较分析,选定一套最好的染色体集合,组成每条染色体都有完整着丝粒和端粒的组装集合。同时,对菠萝每一个基因进行人工查看、对照和校准,最终完成了菠萝高质量基因结构注释,BUSCO完成度从初始注释的 94.5% 提升到 99.2%。搭建了菠萝基因组信息数据库,该数据库提供当前可获取的所有菠萝基因组序列和注释信息。用户可以直接浏览查看这些资源,进行基因查找,序列比对,ID映射和转换以及数据下载等操作。此外,通过比较基因组分析和转录组数据联合分析,筛选鉴定了一个菠萝叶色调控基因。


基因组组装及着丝粒和端粒的鉴定


  相关研究成果以“The Pineapple Reference Genome: Telomere-to-Telomere Assembly, Manually Curated Annotation, and Comparative Analysis”为题发表于《Journal of Integrative Plant Biology》。冯筠庭副研究员、张伟博士、陈程杰副研究员为论文共同第一作者,中国热科院品资所栾爱萍副研究员和贺军虎研究员为论文共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金、海南省自然科学基金的资助。


  论文链接:https://doi.org/10.1111/jipb.13748。


   

  • Copyright © 中国热带农业科学院监制
  • 地址:海南省海口市城西学院路4号
  • 邮编:571101
  • 琼公网安备 46010602000325号
  • 琼ICP备11000394号
English | 旧版
官微二维码 官网二维码
  • 首页
  • 组织机构
    • 基本概况
    • 院领导
    • 使命标识
    • 机构设置
    • 发展规划
  • 科技创新
    • 通知公告
    • 科技动态
    • 政策法规
    • 科研基地
  • 成果转化
    • 转化动态
    • 转化平台
    • 技术成果
    • 良种良苗
    • 科技产品
  • 人才队伍
    • 人才动态
    • 人事人才政策
    • 创新团队
    • 专家风采
    • 专家库
  • 国际合作
    • 国际合作与交流
    • 合作平台与伙伴
    • 对外合作政策
  • 服务三农
    • 热区"三农"
    • 院地合作基地
  • 党建文化
    • 党建工作
    • 反腐倡廉
    • 统战工作
    • 群团工作
    • 文化建设
    • 学习交流
  • 教育培训
    • 研究生教育

重要新闻

  • 刘国中在海南调研时强调:强化协同攻关机制 加快种业科技进步
  • 韩俊在海南调研时强调 建强国家农业战略科技力量 努力抢占农业科技制高点
  • 喜报!中国热科院牵头成果荣获国家科学技术进步二等奖
  • 喜报!中国热科院2023年度海南省科学技术奖实现新突破
  • 中国热科院召开深入贯彻中央八项规定精神学习教育征求意见座谈会
  • 中国热科院在基于混合监督学习的菠萝智能识别算法方面取得新进展

热区热点

  • 海南昌江:火龙果基地灯火璀璨美如画

  • 热带水果飘香金沙江畔

专题推荐

当前位置:>首页>要闻聚焦

中国热科院在菠萝基因组研究方面取得新进展

  作者: 品资所   来源: 中国热带农业科学院  日期: 2024-08-14   点击: [ 小  中  大   打印  ] 我要分享

  近日,中国热科院品资所在菠萝基因组研究领域取得了新进展,完成菠萝三个新材料的基因组测定和组装,发布了首个菠萝“端粒到端粒”参考基因组序列组装和“铂金级”菠萝基因结构注释信息,并搭建了菠萝基因组信息数据库。为菠萝分子辅助下的远缘杂交育种和高抗食赏两用新品种选育提供给了更为全面和扎实的基础。


凤梨属种间的系统发育关系及其表型特征


  菠萝作为全球第三大热带水果,因参考基因组序列缺失、不连续,存在较多的Gap,尤其是着丝粒/端粒附近等序列,以及相应基因结构注释不完善,极大程度限制了菠萝分子辅助育种和基因编辑定向育种的工作进展。研究团队选定了基因组未被解析的三个材料(BL、YLL 和 LY)进行 Pacbio HiFi, Nanopore, 和 HiC 建库测序、基因组组装和组装质量比较分析,选定一套最好的染色体集合,组成每条染色体都有完整着丝粒和端粒的组装集合。同时,对菠萝每一个基因进行人工查看、对照和校准,最终完成了菠萝高质量基因结构注释,BUSCO完成度从初始注释的 94.5% 提升到 99.2%。搭建了菠萝基因组信息数据库,该数据库提供当前可获取的所有菠萝基因组序列和注释信息。用户可以直接浏览查看这些资源,进行基因查找,序列比对,ID映射和转换以及数据下载等操作。此外,通过比较基因组分析和转录组数据联合分析,筛选鉴定了一个菠萝叶色调控基因。


基因组组装及着丝粒和端粒的鉴定


  相关研究成果以“The Pineapple Reference Genome: Telomere-to-Telomere Assembly, Manually Curated Annotation, and Comparative Analysis”为题发表于《Journal of Integrative Plant Biology》。冯筠庭副研究员、张伟博士、陈程杰副研究员为论文共同第一作者,中国热科院品资所栾爱萍副研究员和贺军虎研究员为论文共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金、海南省自然科学基金的资助。


  论文链接:https://doi.org/10.1111/jipb.13748。


   

  

360网站安全检测平台

Copyright © 中国热带农业科学院监制

地址:中国海南省海口市龙华区学院路4号 邮编:571101

联系电话:0898-66962965

电子邮箱:bgs@catas.cn

琼ICP备11000394号 琼公网安备 46010602000325号