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中国热科院椰子所首次完成油棕AP2/ERF超家族的鉴定与分析
  作者: 纠凤凤   来源: 椰子研究所  日期: 2021-03-25   点击:        打印  ] 我要分享

近日,中国热带农业科学院椰子研究所在《International Journal of Molecular Sciences》发表了题为“Genome-Wide Identification and Characterization of AP2/ERF Transcription Factor Family Genes in Oil Palm under Abiotic Stress Conditions”的研究论文。

 AP2/ERF超家族作为植物最大的转录因子家族之一,在植物的生长、发育、新陈代谢以及对生物及非生物胁迫反应中起着至关重要的调控作用。油棕作为典型的热带木本油料作物,其产量和品质受到低温、干旱及高盐等逆境的影响。基于油棕基因组数据,利用生物信息学分析方法,椰子所首次完成了油棕AP2/ERF家族成员的鉴定与分析。共获得172个油棕AP2/ERF超家族基因,并将其划分成AP2(34)、ERF(131)、RAV(5)和Soloist(2)家族。每个家族均具有保守motif和基因结构,推测这些基因有可能与油棕种属的特异性有关;通过对拟南芥、水稻及油棕构建系统发育树,可以推测出油棕起源进化及亲缘关系,为后续遗传操作提供参考;同时通过基因共线性分析发现油棕16条染色体均存在基因复制对,其中3号、5号、13号、14号和15号染色体上的基因复制对较多,通过基因复制时间可估算出油棕种间的分歧时间;利用荧光定量PCR分析其在低温、干旱及高盐胁迫下的表达变化,初步明确15个逆境响应的AP2/ERF基因(EgAP2.25, EgAP232, EgAP2 34,EgERF07, EgERF14, EgERF23, EgERF26, EgERF42, EgERF73, EgERF90, EgERF104, EgERF125, EgERF129, EgERF130和EgRAV02),该研究丰富了油棕的特殊基因库,明确了参与油棕抗逆胁迫的转录调控因子,为深入探索油棕非生物胁迫响应分子机制、构建抗逆调控网络及油棕品种抗逆改良奠定基础。

油棕果形态和油棕AP2、ERF、RAV及Soloist基因共线性分析组图

International Journal of Molecular Sciences》为中科院JCR二区的TOP期刊,最新影响因子为4.556。文章第一作者、通讯作者为中国热带农业科学院椰子研究所周丽霞。该项工作得到了国家自然科学基金(No. 31870670)的支持。

文章链接https://www.mdpi.com/1422-0067/22/6/2821#