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生物所在高通量简化测序技术研究领域获得突破
作者:生物所 龚殿 来源:中国热带农业科学院 日期:2019-07-01

  “AFSM技术,是目前为止全世界唯一的可以在全基因组高通量检测SNVs的同时检测甲基化位点的方法,具有其它简化测序无法比拟的优势。”AFSM技术发明人、生物所青年科学家夏志强博士告诉记者。

  近日,生物所在高通量简化测序技术研究领域获得突破,种质与基因资源研究室夏志强博士发明了AFSM技术,能够提供世界领先的简化测序和甲基化解决方案,相关成果已发表于Nature旗下子刊Scientific Reports(Xia et al., 2015; IF: 5.578),并申请了国家发明专利(专利号:201410154134.9)。AFSM技术通过对酶切获得的AFSM-tag进行高通量测序,能够降低基因组的复杂度,操作简便,同时不受参考基因组的限制,可快速鉴定出高密度的SNVs与甲基化,用于遗传连锁图谱的快速构建、QTL定位、自然群体演化与结构分析、全基因组关联GWAS分析和快速进行群体表观遗传学甲基化研究。

夏志强博士在做实验


  相比世界范围内其它高通量简化测序技术,它具备五大优势:一是适用对象广泛,其研究对象有无参考基因组均能适用;二是精确度高,每个Tag 的平均覆盖深度至少达到5倍,保证分子标记的高准确性;三是性价比高,它基于简化后的基因组DNA测序,测序和甲基化检测成本均较低,特别适合大样本量研究;四是快速高效,只需3-4个月即可完成大样本的群体研究;五是甲基化检测优势,能够在全基因组水平大规模高通量检测甲基化。
  据了解,该技术问世后,生物所已收到来自国内外多家科研机构的合作意向,并成功与相关研究机构签订了AFSM技术服务合作协议。目前,AFSM技术已在木薯、胡椒、柱花草、马铃薯、水蜜桃、火龙果等植物基因组研究中得到应用。

AFSM技术路线图

AFSM技术相关论文:
Xia Z, Zou M, Zhang S, Feng B, Wang W. AFSM sequencing approach: a simple and rapid method for genome-wide SNP and methylation site discovery and genetic mapping,Scientific Reports,2014,4:7300,DOI:10.1038/srep07300

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生物所在高通量简化测序技术研究领域获得突破

  作者: 生物所 龚殿   来源: 中国热带农业科学院  日期: 2019-07-01   点击: [ 小  中  大   打印  ] 我要分享

  “AFSM技术,是目前为止全世界唯一的可以在全基因组高通量检测SNVs的同时检测甲基化位点的方法,具有其它简化测序无法比拟的优势。”AFSM技术发明人、生物所青年科学家夏志强博士告诉记者。

  近日,生物所在高通量简化测序技术研究领域获得突破,种质与基因资源研究室夏志强博士发明了AFSM技术,能够提供世界领先的简化测序和甲基化解决方案,相关成果已发表于Nature旗下子刊Scientific Reports(Xia et al., 2015; IF: 5.578),并申请了国家发明专利(专利号:201410154134.9)。AFSM技术通过对酶切获得的AFSM-tag进行高通量测序,能够降低基因组的复杂度,操作简便,同时不受参考基因组的限制,可快速鉴定出高密度的SNVs与甲基化,用于遗传连锁图谱的快速构建、QTL定位、自然群体演化与结构分析、全基因组关联GWAS分析和快速进行群体表观遗传学甲基化研究。

夏志强博士在做实验


  相比世界范围内其它高通量简化测序技术,它具备五大优势:一是适用对象广泛,其研究对象有无参考基因组均能适用;二是精确度高,每个Tag 的平均覆盖深度至少达到5倍,保证分子标记的高准确性;三是性价比高,它基于简化后的基因组DNA测序,测序和甲基化检测成本均较低,特别适合大样本量研究;四是快速高效,只需3-4个月即可完成大样本的群体研究;五是甲基化检测优势,能够在全基因组水平大规模高通量检测甲基化。
  据了解,该技术问世后,生物所已收到来自国内外多家科研机构的合作意向,并成功与相关研究机构签订了AFSM技术服务合作协议。目前,AFSM技术已在木薯、胡椒、柱花草、马铃薯、水蜜桃、火龙果等植物基因组研究中得到应用。

AFSM技术路线图

AFSM技术相关论文:
Xia Z, Zou M, Zhang S, Feng B, Wang W. AFSM sequencing approach: a simple and rapid method for genome-wide SNP and methylation site discovery and genetic mapping,Scientific Reports,2014,4:7300,DOI:10.1038/srep07300

  

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