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转发院外学术报告通知:喻辉辉研究员《微外显子---植物基因组中的“小强”》
作者:院科技处 来源:CGM基因组沙龙 日期:2023-11-21

嘉宾简介:

      喻辉辉,中国科学院昆明植物研究所研究员,种质创新与分子育种人才组组长,主要从事生物信息和分子育种研究工作。2011年博士毕业于华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室,毕业后先后在中国种子生命科学技术中心(现属于先正达集团中国)担任基因组育种部经理,美国内布拉斯加大学生物信息学博士后,美国妙佑医疗国际(Mayo Clinic)高级生物信息科学家。在Nature Communications、Genome Biology、New Phytologist、Molecular Plant、Plant Biotechnology Journal等发表学术论文30多篇,拥有授权发明专利40多项,植物新品种权20多项,获省部级科研成果奖项3项,并开发了多款生物信息分析软件(https://github.com/yuhuihui2011)。

内容摘要:



      在真核生物中,mRNA的剪接是基因表达和调控的重要步骤。外显子(exon)和内含子(intron)的剪接缺陷会产生功能改变的甚至失去功能的蛋白质,经常会导致疾病。长度≤51 个核苷酸 (nt)的外显子,通常被称为微外显子(microexon)。我们开发了精准鉴定植物微外显子的方法,利用从公共数据库中下载的10个代表性植物物种中的990份RNA-seq 数据进行研究,发现植物基因组中广泛存在非常小的植物微外显子(≤15-nt,甚至小到只有1-nt)。这些植物基因组中的“小强”——微外显子,在进化过程中相对保守,但在基因组注释和转录组研究过程中常常被忽略,从而导致对应蛋白质功能错误(水稻和玉米中的微外显子错误注释率高达80%)。我们全面系统地分析发现,植物微外显子具有特殊的剪接模式,在基因功能、系统进化中具有重要作用。基于这些发现,我们还开发了不依赖于转录组数据的植物微外显子预测方法MEPmodeler,显著提高了基因组注释的准确性。

参加方式:


2023年 11 月 22 日  星期三 8:00 PM(北京时间)

2023年 11 月 22 日  星期三 8:00 AM(美东时间)

2023年 11 月 22 日  星期三 2:00 PM (欧中时间)



参与平台:腾讯会议及Bilibili(关注:CGMonline)

腾讯会议ID:851-8228-1704


腾讯会议链接: https://meeting.tencent.com/dm/CkmP1ocpqAR1

(可点击阅读原文/Read more直接进入)


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转发院外学术报告通知:喻辉辉研究员《微外显子---植物基因组中的“小强”》

  作者: 院科技处   来源: CGM基因组沙龙  日期: 2023-11-21   点击: [ 小  中  大   打印  ] 我要分享

嘉宾简介:

      喻辉辉,中国科学院昆明植物研究所研究员,种质创新与分子育种人才组组长,主要从事生物信息和分子育种研究工作。2011年博士毕业于华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室,毕业后先后在中国种子生命科学技术中心(现属于先正达集团中国)担任基因组育种部经理,美国内布拉斯加大学生物信息学博士后,美国妙佑医疗国际(Mayo Clinic)高级生物信息科学家。在Nature Communications、Genome Biology、New Phytologist、Molecular Plant、Plant Biotechnology Journal等发表学术论文30多篇,拥有授权发明专利40多项,植物新品种权20多项,获省部级科研成果奖项3项,并开发了多款生物信息分析软件(https://github.com/yuhuihui2011)。

内容摘要:



      在真核生物中,mRNA的剪接是基因表达和调控的重要步骤。外显子(exon)和内含子(intron)的剪接缺陷会产生功能改变的甚至失去功能的蛋白质,经常会导致疾病。长度≤51 个核苷酸 (nt)的外显子,通常被称为微外显子(microexon)。我们开发了精准鉴定植物微外显子的方法,利用从公共数据库中下载的10个代表性植物物种中的990份RNA-seq 数据进行研究,发现植物基因组中广泛存在非常小的植物微外显子(≤15-nt,甚至小到只有1-nt)。这些植物基因组中的“小强”——微外显子,在进化过程中相对保守,但在基因组注释和转录组研究过程中常常被忽略,从而导致对应蛋白质功能错误(水稻和玉米中的微外显子错误注释率高达80%)。我们全面系统地分析发现,植物微外显子具有特殊的剪接模式,在基因功能、系统进化中具有重要作用。基于这些发现,我们还开发了不依赖于转录组数据的植物微外显子预测方法MEPmodeler,显著提高了基因组注释的准确性。

参加方式:


2023年 11 月 22 日  星期三 8:00 PM(北京时间)

2023年 11 月 22 日  星期三 8:00 AM(美东时间)

2023年 11 月 22 日  星期三 2:00 PM (欧中时间)



参与平台:腾讯会议及Bilibili(关注:CGMonline)

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