近日，中国热科院橡胶研究所分子育种团队成功开发植物多学科数据分析与可视化工具SPDEv3.0。该工具支持分子生物学、育种学、基因组学以及比较基因组学等多个植物学科数据的分析与可视化。

SPDEv3.0的功能分布及模块功能间的关联

在植物研究中，整合异源数据并保障不同分析流程的兼容性是重要挑战，现有工具因自动化程度有限且流程碎片化等原因，导致效率低且结果可重复性差。SPDEv3.0 综合超130项基本操作，通过高度简化任务、降低时间成本，高效完成复杂生物信息学分析，如仅需提供基因组序列与注释文件，可在两分钟内完成共线性分析。此外，该平台提供 30 余种可视化功能（含基因组特征图谱、结构域示意图、热图、Circos 圈图及各类统计图表），用户无需编程即可生成发表级高质量图表。同时平台还集成40种育种分析方法，支持一键自动化计算，大幅便利育种数据处理与解读。基准测试表明，SPDEv3.0在稳定性、可扩展性和实际应用价值方面表现优异。其高度自动化、模块互操作性以及强大的可视化能力，有望为植物基因组学与生物育种研究的数据分析问题提供可行的解决方案。

相关成果以“SPDEv3.0: A Multidisciplinary Integrated Data Analysis Platform”为题发表于《Plant Physiology》。中国热带农业科学院橡胶研究所助理研究员许东、浙江大学博士生金康鸣、中国农业科学院深圳农业基因组研究所张全玲、上海交通大学博士生赵贤嘉、以及中国农业科学院深圳农业基因组研究所硕士生李雁春为论文共同第一作者，中国热带农业科学院橡胶研究所程汉研究员为通讯作者。该研究得到热带作物生物育种全国重点实验室高层次人才科研项目、国家自然科学基金等项目的资助。

论文链接：https://doi.org/10.1093/plphys/kiaf537

SPDEv3.0下载链接：https://github.com/simon19891216/SPDE/releases/tag/database